La estructura organizacional del Centro de Estudios para la Construccion de Ciudadania y Seguridad (CECOCISE) es lineal. Existe la figura de Coordinador del Programa, el cual depende directamente de la Directora del Centro. Asimismo, a nivel del Centro existen áreas de apoyo como Servicios escolares, Titulación, Recursos Humanos y otras coordinaciones de apoyo que no son de operación exclusiva de la Licenciatura sino a nivel general.